Für die Kontrolle von Fluggästen und die Kontrolle des Inhalts von Handgepäck und Reisegepäck ist die Bundespolizei (BPol) zuständig. Die Bundespolizei untersteht dem Bundesinnenministerium (BMI). Mit wenigen Ausnahmen setzt die BPol zur Durchführung der Kontrollen privates Sicherheitspersonal ein, das von privaten Firmen geschult wird und nach einer Prüfung vor der BPol eine Beleihung erhält.

Für die Kontrollen des Flughafenpersonals und der angelieferten Waren ist der jeweilige Flughafen zuständig. Er untersteht der Aufsicht durch die jeweilige Landesbehörde, welche wiederrum von jedem Bundesland selbst definiert wird. In der Regel ist das Verkehrsministerium hierfür zuständig oder, wie in Bayern, eine eigene Behörde, das Luftamt.

Die Flughäfen sind zudem für die Errichtung von Zäunen und deren regelmäßige Bestreifung zuständig.

Für die Sicherung abgestellter Luftfahrzeuge und für weitere Kontrollen, wie die Durchsuchung von Flugzeugen vor dem Abflug und die Zuordnung von Reisegepäck, sind die Luftverkehrsgesellschaften verantwortlich. Diese unterliegen dem Zuständigkeitsbereich des Bundesverkehrsministeriums (BMVBS), welches als ausführendes Organ eine Behörde, das Luftfahrtbundesamt (LBA), einsetzt. Das LBA prüft die Luftsicherheitspläne der Fluggesellschaften und überwacht die Durchführung der Kontrollen.

Verantwortliche für die Sicherheit von Luftfracht sind Airlines bzw. Luftfrachtabfertiger, die als sogenannte Reglementierte Beauftragte (RegB) selbst Kontrollen durchführen können. Sichere Luftfracht, z.B. von Bekannten Versendern, muss nicht mehr kontrolliert werden. Die Zuständigkeit liegt hier ebenfalls beim BMVBS und dem LBA, welches RegB und Bekannte Versender zulässt und überwacht.